Η Ηγουμενίτσα είναι μια σχετικά καινούρια πόλη που ανοικοδομήθηκε μετά τον Β’ παγκόσμιο πόλεμο, αν και υπήρχε και στα παλιά χρόνια σαν ψαροχώρι. Επί Τουρκοκρατίας ήταν το επίνειο μιας μικρής κοινότητας με το όνομα Γράβα. Το 1913 απελευθερώθηκε από τους Τούρκους και το 1938 οπότε ιδρύθηκε ο νομός Θεσπρωτίας,έγινε πρωτεύουσα του. Μερικά λίθινα εργαλεία της Μέσης Παλαιολιθικής περιόδου (παρουσιάζονται στην έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου) αποτελούν ένδειξη για την εμφάνιση του προϊστορικού ανθρώπου στην περιοχή όπου βρίσκεται σήμερα η πόλη της Ηγουμενίτσας. Στην εποχή του χαλκού η περιοχή ανήκε στο φύλο των Θεσπρωτών και κατά την παράδοση το νησάκι Πρασούδι στον κόλπο της Ηγουμενίτσας ήταν ο βράχος που έριξε ο Πολύφημος στον Οδυσσέα. Επίσης στην Οδύσσεια αναφέρεται η επίσκεψη του Οδυσσέα στον βασιλιά Φείδωνα και στο θεσπρωτικό ιερό μαντείο της Δωδώνης. Στην κλασική εποχή Κερκυραίοι σύμφωνα με το Θουκυδίδη, ίδρυσαν την αποικία της Τορώνης ή Κερκυραϊκής Περαίας στην περιοχή του Πύργου Ραγίου με ισχυρά ισοδομικά τείχη και με πληθυσμό 6.000 κατοίκων στην οποία κατέφυγαν οι εκδιωχθέντες ολιγαρχικοί του νησιού κατά τον Κερκυραϊκό εμφύλιο πόλεμο το 427 π.Κ.Ε. Στα όρια του σημερινού δήμου ιδρύεται στο β΄ μισό του 4ου αι. π.Κ.Ε. η πόλη των Γιτάνων, έδρα του Κοινού των Θεσπρωτών κι ένα από τα σημαντικότερα πολιτικά, διοικητικά και οικονομικά κέντρα της ευρύτερης περιοχής του Ιόνιου με 8.000 περίπου κατοίκους. Ο αρχαίος αυτός οικισμός καταστράφηκε από τους Ρωμαίους και εγκαταλείφθηκε οριστικά το 167 π.Κ.Ε. Η περιοχή άρχισε να χρησιμοποιείται ως καθώς οι και οι Ιταλοί ονόμασαν το Αγονησι στον άνοιγμα του κόλπου ως (Σκόπελος της Παναγίας).